Opštine i područja koje su u ratnom periodu pripadale teritoriji grada Srpsko Sarajevo i to Hadžići, Vogošća, Ilijaš, najveći dio opštine Ilidža, veći dio opštine Stari grad i gotovo cijeli urbani dio opštine Novo Sarajevo pripadaju Federaciji Bosne i Hercegovine.
Dolazi do masovnog iseljavanja stanovništva sa toga područja i gašenja postojećih zdravstvenih ustanova primarnog i sekundarnog nivoa i to domovi zdravlja, bolnica Žica, bolnica Dr Enest Grin i Instituta za fizijatriju i rehabilitaciju Ilidža. Jedan dio opreme kao i osoblja iz navedenih ustanova je prihvaćen u bolnicu Kasindo.
U novonastaloj situaciji zbog priliva velikoga broja stanovništva u objektima bolnice Kasindo oslobađa se jedan dio prostora u kojem se smještaju zdravstveni radnici i njihove porodice i započinju rad u ustanovi. Godina 1996. je period kada bolnica usmjerava svoj rad ka mirnodobskoj patologiji.
Tada se donosi odluka o proširenju obima i sadržaja rada u bolnici kako bi se formirale službe koje nedostaju i time zakružila opšta bolnica koja bi bila u stanju da pruži sve usluge korisnicima koji gravitiraju u ovoj ustanovi. Neophodno je bilo: obezbjediti specijalistički kadar za formiranje nedostajućih službi, obezbjeđenje novih prostora kako bi se smjestile nove službe i odeljenja, a to se moglo postići jedino rekonstrukcijom i dogradnjom postojećih objekata ili izgradnjom novih i obezbjeđenje nove opreme donacijom ili kupovinom vlastitim sredstvima.
Posebna pažnja se poklanja školovanju kadrova prevashodno specijalizacije i subspecijalizacije. Neophodno je bilo obezbijediti sredstva koja bi omogućila izgradnju stambenih jedinica za smještaj zdravstvenog kadra, te se izgrađuje stambeni objekat sa 15 stambenih jedinica i obezbjeđuju se sredstva za izgradnju većeg broja stambenih jedinica za pojedince. Odmah se formira ORL služba sa odjeljenjem, a za šefa iste postavlja se prim. Dr Milan Pejić, očna služba sa odeljenjem, za šefa postavlja se prim. Dr Danica Vučinić, infektivna služba sa odeljenjem kojom rukovodi dr Žanka Eranović.
Formira se onkološki konzilij i hematološko-onkološko odeljenje, nosioci posla su dr Jadranka Jovović i doktorica Danica Bjelica. Zaokružuje se sadržaj pedijatrijske službe sa dječijim odeljenjem pod neposrednim rukovođenjem dr Kose Pandurević i uz pomoć prim. Dr Zorice Vujisić. Formira se služba za patohistologiju pod rukovodstvom dr Slaviše Đuričića i dr Tanje Pleše. Javna apoteka i dalje je u svojoj funkciji pod neposrednim rukovodstvom Mr farmacije Milene Vitković. Dermatovenerološku službu organizuje dr Gordana Nikolić. Ljekraski kadar koji je upućen na specijalizacije i subspecijalizacije vraća se sa školovanja i odmah se proširuje sadržaj rada pojedinih službi i osnivaju se nove. Formiraju se novi subspecijalistički kabineti kardiologije, gastroenterologije i endokrinologije.
U hirurškoj službi, pored opšte hirurgije, razvijaju se odsjeci grudne hirurgije, dječije hirurgije, neurohirurgije, traumatologije i ortopedije, plastične hirurgije i urologije.
U tom vremenu smo primorani da pneumoftiziološku službu sa odjeljenjem i infektivnu službu smjestimo u Dom zdravlja Trnovo udaljenu od matične kuće 30 km. Zbog velikih troškova koji su nastali zbog izmještanja ovih službi odlučeno je da se izgradi novi objekat pneumoftiziologije u krugu bolnice koji je useljen 2006. godine.Da bi se obezbjedio prostor za nove službe pristupa se rekonstrukciji i revitalizaciji postojećih prostora. U objektu „Centar“ pravi se kabinet za očne bolesti i formira odeljenje i prostor za hematoonkologiju. Počinje gradnja novog operacionog bloka u objektu „Srbija“. Vlada Republike Srpske 1998. godine donosi odluku da se izvrši adaptacija i rekonstrukcija paviljona „Srbija“ donatorskim sredstvima Vlade Republike Grčke gdje bi se smjestio hirurški blok. Objekat je iseljen 01.10.1999. godine i predat izvođaču radova. Radovi na objektu su prekinuti 31.12.2000. godine i do danas objekat nije završen.Da bi se obezbjedio prostor za nove službe pristupa se rekonstrukciji i revitalizaciji postojećih prostora. U objektu „Centar“ pravi se kabinet za očne bolesti i formira odeljenje i prostor za hematoonkologiju. Počinje gradnja novog operacionog bloka u objektu „Srbija“. Vlada Republike Srpske 1998. godine donosi odluku da se izvrši adaptacija i rekonstrukcija paviljona „Srbija“ donatorskim sredstvima Vlade Republike Grčke gdje bi se smjestio hirurški blok. Objekat je iseljen 01.10.1999. godine i predat izvođaču radova. Radovi na objektu su prekinuti 31.12.2000. godine i do danas objekat nije završen. Nezavršavanjem objekta „Srbija“ javlja se nasušna potreba za izgradnjom djela operacionog bloka, pa se uz pomoć Vlade Republike Grčke prave dvije nove operacione sale i nova intezivna njega. Objekat se završava 2001. godine. Vlada Republike Grčke obezbjeđuje sredstva za izgradnju nove mikrobiološke laboratorije, obezbjeđuje se novi prostor za audiologiju i biohemijski laboratorij. U objektu „Željezničar“ dograđuje se nova operaciona sala za ginekologiju i nova porođajna sala, a u istom objektu pravi se konorarna jedinica sa novom opremom. Kroz bolnicu se postavlja nova asfaltirana trasa puta u dužini od 600 m.
Opremu koju je bolnica posjedovala sastojala se od opreme bolnice za tuberkulozu i plućne bolesti Kasindo, opreme vojske Republike Srpske i opreme nabavljene sredstvima iz donacija. Ista je bila zastarjela i nedovoljna. U periodu 1997 i 1998. godine bolnica je dobila novu medicinsku opremu kao donaciju Japanske vlade ali ni to nije bilo dovoljno pa se iz vlastitih sredstava oprema služba patohistologije, kardiologije, kupuje ultrazvučni aparat za srce i oprema za ergometriju. Za potrebe urološke službe kupuje se aparat za razbijanje kalkulusa urinarnog trakta (ESWL) i obezbjeđena je donacija CT aparata i novih dijaliznih aparata centaru za hemodijalizu.
Posebno treba napomenuti angažman Mr Ljuba Potpare direktora Regionalnog fonda zdravstvenog osiguranja Srajevsko-Romanijske regije na obezbjeđenju novčanih sredstava za kupovinu nove aparature.
2001. godine donosena je nova odluka o planu mreže zdravstvenih ustanova i novoj organizaciji Kliničkog centra Srpsko Sarajevo koji pokriva opštine: Srpska Ilidža, Srpski Stari Grad, Srpsko Novo Sarajevo, Trnovo, Sokolac, Rogatica, Han Pjesak, Srbinje, Kalinovik, Čajniče, Srpsko Goražde, Višegrad i Rudo.
Ovom Kliničkom centru gravitiraju Opšta bolnica Zvornik, Trebinje i Nevesinje za potrebe tercijarnog i sekundarnog nivoa zdravstvene zaštite, koje nisu u tim ustanovama bile razvijene. Statutom Kliničkog centra, Opšta bolnica Kasindo dobija novu organizacionu formu pod nazivom Klinike i bolničke službe u Kasindolu.
Ova ustanova danas pruža usluge sekundarnog i tercijarnog nivoa zdravstvene zaštite velikoj regiji u kojoj je nastanjeno oko 300.000 stanovnika, a koja obuhvata Istočno Sarajevo, Zvornik, Trebinje i Nevesinje, a od toga samoj sarajevsko-romanijskoj regiji pripada oko 120.000 stanovnika. Početkom 2010. godine u Klinikama i bolničkim službama u Kasindolu zaposleno je 454 radnika od toga 79 doktora (specijalista, subspecijalista i doktora na specijalizaciji), 214 zdravstvenih radnika srednje stručne spreme, 16 zdravstvenih radnika sa višom školskom spremom i 142 radnika nezdravstvenog sektora.